İstanbul Aydın Üniversitesi, 18.05.2007 tarih ve 26526 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 5656 Ek-73 sayılı kanunla kurulmuştur. Kuruluş kanununda İstanbul Aydın Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü de yer almış ve gereken idari yapının oluşturulmasının ardından Yüksek Öğretim Kurulu’na aşağıdaki bilim dallarını kapsayan yüksek lisans programları önerilmiş ve onaylanmıştır.Bilgisayar Mühendisliği Anabilim Dalına bağlı yüksek lisans programları
Mimarlık Anabilim Dalına bağlı yüksek lisans programları
Kuruluş sürecinin ardından Enstitümüz 2007-2008 Bahar yarıyılından itibaren öğrenci kabulüne başlamıştır.
İstanbul Aydın Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü, gerek üniversite bünyesinde, gerekse çevresinde zaman içinde ortaya çıkabilecek gereksinmelere bağlı olarak, mevcut anabilim dalları veya yeni açılacak anabilim dalları bünyesinde yeni yüksek lisans programlarını da gündeme getirecektir.
İstanbul Aydın Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü “Fen ve mühendislik bilimlerinde mesleğine yönelik olarak, ülkesinin ve insanlığın ihtiyaçları doğrultusunda sürdürülebilir kalkınmaya yönelik sistemler tasarlayabilen, uygulayabilen, problemlere çözüm getirebilen ve seçenekleri tartışabilen ve sorumluluk alabilen, öğrendiği ve ürettiği bilgiyi paylaşmayı ve araştırmayı ilke edinen bireyleri yetiştiren, kaliteli ve tercih edilen bir lisansüstü eğitim-öğretim programı olmayı” kendisine görev edinmiştir.
İstanbul Aydın Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü bünyesinde yer alan yüksek lisans programlarına başvurmak için gerekli koşullar yasalar ve ilgili yönetmeliklerde belirtilmiştir. Bu koşulları sağlamayan öğrenciler, özel öğrenci olarak kabul edilmekte ve gerekli koşulları sağlamaları durumunda özel öğrenci olarak başarılı oldukları derslerden muaf tutulabilmektedirler. Bir yüksek lisans programına başvuran öğrencinin lisans diploması ilgili yüksek lisans programını takip etmeye yeterli değil ise, Enstitü söz konusu öğrenciye bilimsel intibak programı uygulayabilmektedir.
.